东北大学医学与生物信息工程学院副教授，硕士生和博士生导师。清华大学生物学硕士，德国杜塞尔多夫大学博士。中国生物医学工程学会、生物物理学会会员，任辽宁省细胞生物学学会组织损伤修复与医工融合专业委员会常务理事，辽宁省生命科学学会生医用生物材料分会委员，Frontiers in Chemical Engineering等期刊编委。主持或参与国家、省部级、校级科研项目、横向课题等十余项，已获授权发明专利2项，参与获得辽宁省科学技术二等奖。主编面向新工科专业建设教材1部，辽宁省级一流本科课程1项，曾获东北大学“2021-2022年度优秀班导师”荣誉称号。
研究方向
团队长期致力于前沿医学与交叉学科研究，关注利用尖端多组学数据与人工智能技术相结合，破解疾病奥秘。研究围绕“基础机制探索”与“临床转化应用”两大支柱展开，聚焦于感染性疾病关键蛋白、创新医用材料及药物研发三大领域。具体研究内容包括：
1. 精准早期诊断与预测
构建基于AI的多模态信息融合模型，用于疾病的早期筛查、精准分型、预后判断及治疗反应预测。通过分析医学影像的细微特征，结合分子标志物与临床指标，实现对感染类疾病和慢性复杂疾病的超早期、无创诊断。
2. 疾病致病机理深度解析
重点揭示感染性病原体与宿主相互作用的关键分子，鉴定重要致病通路和药物作用新靶点，为后续干预策略提供坚实的理论依据。
3. 驱动新型医用材料与药物开发
通过深度学习加速候选化合物的虚拟筛选、性质预测及优化设计。在医用材料领域，利用数据驱动的方法指导功能性生物材料的理性设计，从而实现材料的性能最优化和生物相容性预测。
课题组长期招收本科、硕士、博士生，欢迎感兴趣的同学联系。
联系方式
邮箱：yukun@bmie.neu.edu.cn
办公室：浑南校区生命科学馆B216
蛋白质功能与分析实验室：浑南校区生命科学馆B126
代表性论文
Qiao, Yuqing, Dan Zhang, Zihan Yang, Ziwei Zhu, Xiaopeng Lu, Boyi Ou, Jingshu Zhang, Shi Jin, Qiang Wang, and Kun Yu. 2024. Structural Characterization and Biological Compatibilities of PEO Coated Ti–Mg Metal Matrix Composites. Journal of Materials Research and Technology 30:2911–21.
Wang L, Li W, Zhou F, Yu K, Feng C, Zhao D. nsDCC: dual-level contrastive clustering with nonuniform sampling for scRNA-seq data analysis. Brief Bioinform.2024 Sep 23;25(6):bbae477.
Wang, L. J., Li, W., Xie, W. D., Wang, R., & Yu, K.(2023). Dual-GCN-based deep clustering with triplet contrast for ScRNA-seq data analysis. Computational Biology and Chemistry, 106(March), 107924.
Xie, W., Wang, L., Yu, K., Shi, T., & Li, W. (2023). Improved multi-layer binary firefly algorithm for optimizing feature selection and classification of microarray data. Biomedical Signal Processing and Control, 79(P1), 104080.
Gao, X., Fu, Y., Sun, S., Gu, T., Li, Y., Sun, T., Li, H., Du, W., Suo, C., Li, C., Gao, Y., Meng, Y., Ni, Y., Yang, S., Lan, T., Sai, S., Li, J., Yu, K., Wang, P., & Ding, C. (2022). Cryptococcal Hsf3 controls intramitochondrial ROS homeostasis by regulating the respiratory process. Nature Communications, 13(1), 5407.